Цитата: Т.е я не могу установить ему 6 000 как директору и все
Можете, если в ШР числится только должность директора, а трудовые функции кассира и администратора изначально прописаны в его трудовом договоре (не нужно указывать там наименования должностей, нужно прописать, что он обязан конкретно делать: принимать от покупателя (клиента) оплату наличными, пробивать кассовый чек, оформлять кассовые документы в соответствии с Указаниями Банка № 3210-У, сдавать выручку в банк и т.п. Чем подробнее все будет расписано, тем меньше вопросов и претензий возникнет при проверке.
Цитата: за каждую должность он должен получать согласно штатного расписания, так?
Если каждая должность будет включена в ШР отдельно и трудовые функции по ней не будут с самого начала включены в трудовой договор с директором, а найдут свое отражение в соответствующих должностных инструкциях, то в доп. соглашении к ТД с директором укажете, что с такой-то даты он совмещает свои основные обязанности с должностями кассира и администратора и обязуется выполнять функции, указанные в их должностных инструкциях (ДИ), за такую-то сумму доплаты в месяц (и это вовсе не обязательно должен быть тот оклад, что указан в ШР для кассира и администратора - это может быть любая сумма, которая устанавливается по договоренности между работодателем и работником). Если ссылаетесь на ДИ, в ТД подробно прописывать функции не нужно.
Под ДИ должна быть подпись работника об ознакомлении с указанием даты и времени (до времени подписания ТД, если то и другое происходило в один день). Применительно к работнику - единственному учредителю последнее замечание не особо актуально, а вот в отношении наемных работников рекомендую соблюдать его строго-настрого (чтобы работник не имел потом возможности заявить, что подписывая трудовой договор, он не знал о необходимости выполнять те или иные действия и тем самым якобы был намеренно введен работодателем в заблуждение).